学校を決めるときに無視できないものが学費の問題です。公立と私立で異なり、私立の場合は学校によってさまざま。通信制高校の学費は、登校・通学形態によって変わり、学校の中でもコースによって金額が変わる場合もありますが、通信制高校の授業料は履修単位数に応じて決まります。

通信制高校は、1 単位あたりの授業料( 公立:336 円～ 700 円、私立:6,000 円～ 12,000 円) をもとに生徒の履修単位数によって授業料が計算されます。
卒業に必要な単位数は74 単位以上なので、3 年間で卒業する場合は平均すると年間25 単位程度の履修が目安となりますが、履修単位数は生徒の都合によって変えることができるので授業料もそれに応じたものになります。
日数が増えた登校・通学形態では、特別講座の費用など（補習授業料、コース費用など）の料金が必要になるのが一般的です。

学習面やメンタル面などでサポートが必要な場合は、ある程度の日数の通学日があるほうが良いため、どのようなケアが受けられるかで学費を考えても良いかもしれません。
大学進学を希望している場合なら高校に在籍してプラス予備校に通う料金と、サポート校の大学進学コースのみの通学料金を比較してどちらがお得かという見方で選んで考えてもらうといいかもしれません。

2014 年4 月より「高等学校等就学支援金」制度に変更があり、通信制高校も就学支援金の対象となりました。世帯収入によって加算されていた支援金額に上積みが行われる一方で、年収910 万円以上の世帯は支給対象外となりました。

私立通信制高校生への就学支援金は1 単位あたり4,812 円です。
25 単位履修した場合は120,300 円となり、卒業までに74 単位分356,088 円が支給されます。高等専修学校は、私立全日制高校同様に年間118,800 円が支給されます。

学費の負担を軽減するための方法としては奨学金を活用する方法があります。

公的なものとしては、日本学生支援機構( 旧・日本育英会) から各都道府県に移管された奨学金制度があります。
民間のものでも、篤志家の意思に基づく寄付等や、民間企業の出資で行われているもののほかに、あしなが育英会や財団法人交通遺児育英会などで行っている奨学金があります。

また、学校独自のものとしては、「兄弟が在籍する場合は入学金免除」「自己推薦入試で入る生徒に対しては入学金免除」など、さまざまな取り組みが行われている場合もあります。